An den größeren barocken Deckenfresken lässt sich die ursprüngliche Länge der Kirche ablesen. Die drei Gemälde bilden zwischen Chorbogen und Empore eine symmetrische Einheit mit einer achteckigen Kuppel (eigentlich ein Klostergewölbe) als Mitte, deren Lage in der heutigen Kirche eher merkwürdig anmutet.
Das östliche der drei 1696 wohl von dem Ingolstädter Johann Georg Höss gemalten Fresken zeigt die Verherrlichung der Drei Elenden Heiligen. Archus als der Älteste und Vater von Herenneus und Quartanus thront in der Mitte auf einer Wolke, flankiert von seinen tiefer sitzenden Söhnen. Die sie umgebenden Engel tragen die Attribute der Heiligen: das Paket und das Schwert, weIche sie in den angenommenen früheren Berufen als Kaufleute bzw. Soldaten ausweisen, Hacke und Schaufel als Heiligenwerkzeug, das für die Beerdigung der verfolgten Christen benötigt wurden. Die Farbe ihrer Umhänge, Blau, Altrosa und Gelb, bestimmen auch den Farbcharakter des übrigen Gemäldes. Dessen Figurenkomposition fügt sich harmonisch in die Vierpassform seines äußeren Rahmens ein.
Das Pfingstfest ist Thema des westlichen Deckengemäldes. Maria und die Jünger erblichen im sich öffnenden Himmel die Taube als Symbol des Heiligen Geistes, während kleine Flämmchen die Ausgießung des Heiligen Geistes andeuten.
Die Blicke der Figuren richten sich zum Himmel und weisen so gleichzeitig über die Gemälde hinaus zur Kuppel. Er ist nicht nur die Mitte des alten Langhauses, sondern meint auch das Zentrum des christlichen Glaubens: die Heiligste Dreifaltigkeit. Diese kommt dem Betrachter in der Bildmitte in Symbolgestalt als Dreieck entgegen, umgeben von den Himmlischen Heerscharen. Die bildfüllende Partie der großen Engelsgestalten teilt sich in zwei Gruppen: In Altarrichtung sehen wir die Erzengel Raphael, Michael und Gabriel, und in Richtung Orgel vollenden musizierende Engel den Reigen.
Als Kirchenpatron nimmt Michael die Mitte der Dreiergruppe und damit genau die Chorachse ein, wobei Stirnkreuz und Flammenschwert den "Quis ut Deus" (d.i. "Wer ist wie Gott?") genannten Erzengel als Kämpfer Gottes, die Waage aber als Seelenbegleiter und Seelenwäger beim Jüngsten Gericht charakterisieren. Sein Begleiter zur Linken ist Raphael (d.i. "Gott heilt"), der den jungen Tobias geleitet. Rechterhand trägt Gabriel (d.i. "Gott ist stark"), das Rauchfass und den Botenstab, denn er verkörpert ja den Verkündigungsengel. Vielleicht wollte der Künstler auch malerisch die Nähe der Erzengel zu Gott darstellen, indem er sie bis an die Mitte des Himmels heranreichen lässt. Somit würde auch ihre vornehmliche Funktion verdeutlicht, nämlich die Gebete der Menschen unter ihnen zu Gott zu leiten. Mit der differenzierten Neufassung der Pflanzenrahmen wird Gelungenehrmaßen auf die Farbigkeit der drei Fresken Rücksicht genommen, die vor allem auf Blau, Rot, Gelb und Grün beruht. Vieles spricht dafür, dass als Meister die Ingolstädter Bartholomäus Sedlmayr für die Stuckierung und Johann Georg Höss für die Gemälde verantwortlich zeichnen. Beide
Künstler waren Sozusagen Vertragshandwerker in Etting. Dabei darf die Stuckierung durch den Bildhauer Sedlmayr nicht verwundern, denn in seinem Beruf war es damals üblich, auch eine Freskierungswerkstatt zu führen.
Im Gegensatz zu den genannten Bildern wirkt das Deckengemälde über der Empore, bei dem auf die Fortführung der pflanzlichen Rahmung verzichtet wurde, im Kolorit etwas düster. R. Walberer, der es 1966 malte, gelingt es so, den Bildinhalt farblich zu unter streichen. Das Gemälde handelt vom Beginn der Vision des Johannes in der Geheimen Offenbarung (Kap. 4 und 5). Der Evangelist, am unteren Bildrand knieend, erblickt den thronenden Gott im
Himmel, welcher von vier Wewen begleitet wird. Hier werden sie durch die Evangelistensymbole verkörpert: Engel und Adler rechts und links zu Füßen Gottes, Löwe und Stier im "Durchblick". Als Anspielung auf die im Bibeltext eigentlich als sechsflügelig beschriebenen Wesen sind die Flügel des Stieres zu verstehen. Das Lamm - allein würdig, das Buch mit den sieben Siegeln zu öffnen - ist Hinweis auf Kommendes, ebenso wie die Posaunenengel. Die Krone zu Füßen des Johannes steht wohl für die niedergelegten Kronen
der vierundzwanzig Ältesten. Bei der Zusammensetzung mit den hl\. Walburga und Wunibald (vor der Klosterkirche Heidenheim) links und dem hl. Willibald (vor der Eichstätter Burg) rechts handelt es sich hier wohl um eine ikonographische Neuschöpfung, in der
die drei Diözesanheiligen als Zeugen und als Fürbitter beim Jüngsten Gericht fungieren.
Ein weiteres kleines Deckengemälde, einen Gnadenstuhl darstellend (s. u. Epitaph), findet sich im Chor. Sowohl die grobere Malweise als auch seine Farbigkeit und der etwas unbeholfene barockisierende Stuckrahmen weisen ins 20. Jahrhundert.
